La Capitanía de Puerto de Tumaco fue fundada el 10 de septiembre de 1904 por necesidades de tipo comercial que se tenían con Europa, especialmente con España, Portugal e Inglaterra; países con los cuales se comercializaba oro y tagua.

En septiembre de 1987 la Armada Nacional, a través de la Dirección General Marítima, inauguró las nuevas instalaciones para el funcionamiento de ésta