La Capitanía de Puerto de Inírida fue creada el 16 de noviembre de 1972, para funcionar en el caserío de Amanaven (Vichada), ubicado en la desembocadura de del río Atabapo en el río Guaviare. Por problemas de infraestructura, falta de comunicación y seguridad fue instalada en Puerto Inírida, capital del departamento del Guainía.

Su funcionamiento empezó en las instalaciones de la Policía Nacional por seis meses, siendo su primer Capitán de Puerto el SPCIM Harry Bustamante Fernández (Q.E.P.D.). De allí se trasladó frente al parque principal hasta 1988, año en el cual el Fondo Rotatorio de la Armada Nacional compra la casa ubicada en la Manzana 50 Casa No. 14, donde se ubican de forma definitiva las oficinas de la Capitanía y la vivienda fiscal, ejerciendo su jurisdicción mediante Resolución No. 0825 de Dimar del 27 de diciembre de 1994.