El 24 de septiembre de 1968 siendo el Director General de la Marina Mercante Colombiana el  Capitán de Fragata Agustín Rey Abadía, por disposición del ejecutivo, la Capitanía de Puerto de Coveñas, en ese entonces en manos de la Armada Nacional, es entregada a la Dirección de Marina Mercante -hoy Dimar-,  siendo nombrado como Capitán de Puerto el Jefe Técnico (r) Juan González Álvarez, mediante el Decreto No. 2459/68.

El 11 de enero mediante Decreto No. 133 de 1986 la Capitanía de Coveñas  pasa de segunda a primera Categoría. Posteriormente, en cabeza del Capitán de Navío Julio Enrique Vargas Gómez, sus instalaciones se trasladan de la Base Naval al Edificio de Coremar, ubicado en la vía Coveñas-Lorica, en un espacio más amplio y con una mayor capacidad y facilidades de acceso al público.