La Capitanía de Puerto de Puerto Bolívar fue creada mediante Decreto No. 995 del 5 de abril de 1982 por el Presidente Julio César Turbay Ayala, bajo el nombre de Capitanía de Puerto de Bahía Portete, con la finalidad de consolidar la presencia del Estado en esta región de Colombia, y ejerce soberanía nacional mediante la legislación marítima sobre las motonaves nacionales y extranjeras que arriban y zarpan de Puerto Bolívar y el Muelle Artesanal de Puerto Nuevo.

En 1986, mediante Decreto 1589 del 19 de mayo se modificó su nombre por el de Capitanía de Puerto de Puerto Bolívar.