La Capitanía de Puerto de Guapi fue fundada el 14 de abril de 1974, siendo el primer Capitán de Puerto el Suboficial Primero Damián Loaiza.

El predio inicial adquirido para su establecimiento fue un lote de terreno de 320 m2, con una casa de madera tipo colonial, ubicado en el barrio San Pablo de Guapi, el cual fue comprado a los españoles Roberto Herrera Precioso y Ligia Canales de Herrera por $140.000.oo.

La actual infraestructura de las instalaciones de la Capitanía de Puerto de Guapi (construida en 2001 a un costo total de $ 127´000.000.oo) se localiza a 70 m del margen occidental de la ribera del río Guapi, en un predio adquirido a través del Fondo Rotatorio de la Armada Nacional y con presupuesto de la Dirección General Marítima.