La Capitanía de Puerto de Barranquilla se creó mediante el Decreto No. 766 del 12 de mayo de 1968, constituyéndose en la oficina regional de la Dirección General Marítima, ubicada en la capital del Atlántico.

Las primeras oficinas de la Capitanía de Puerto de Barranquilla  estaban ubicadas en una bodega a la entrada del Terminal Marítimo y más tarde fueron trasladadas al Edificio de la Caja Agraria. El 28 de octubre de 1993 se incendiaron y fueron trasladadas a las oficinas del Batallón Naval de Suboficiales ARC "Barranquilla"; posteriormente fueron adquiridas las oficinas que eran de la Flota Mercante Grancolombiana en la Calle 53 No. 46-37- Piso 2o..

La Capitanía de Puerto de Barranquilla depende de Dimar, como Autoridad Marítima Nacional, y tiene por objeto la regulación, dirección, coordinación y control de las actividades marítimas. La Capitanía ejerce las funciones de Dimar en su jurisdicción.