Dimar ejerce sus funciones en los 928.660 km², equivalentes al 44,85% de todo el territorio nacional, y en los 2.900 km de línea de costa (litoral Pacífico y Caribe), además de los principales ríos ubicados en las zonas de frontera y en el río Magdalena en los 27 kilómetros finales antes de su desembocadura al mar. Complementariamente su jurisdicción va más allá de la Zona Económica Exclusiva (ZEE) respecto a sus actuaciones dentro del concepto de Estado de Abanderamiento.

Además ejerce su jurisdicción hasta el límite exterior de la ZEE, en las siguientes áreas: aguas interiores marítimas, incluyendo canales intercostales y de tráfico marítimo; y todos aquellos sistemas marinos y fluviomarinos; mar territorial, zona contigua, Zona Económica Exclusiva, lecho y subsuelo marinos, aguas suprayacentes, litorales, incluyendo playas y terrenos de bajamar, puertos del país situados en su jurisdicción; islas, islotes y cayos y, sobre los ríos que a continuación se relacionan, en las áreas indicadas:

1. Río Magdalena: desde la desembocadura en Bocas de Ceniza hasta 27 kilómetros aguas arriba
2. Río Guanía o Río Negro: desde el raudal Venado en el Alto Guainía hasta la Piedra del Cocuy en el río Negro
3. Río Amazonas: desde la Boca Quebrada San Antonio hasta la Boca Atacuari
4. Río Orinoco: desde Puerto Carreño hasta la desembocadura del río Cuasacabi en el Atabapo
5. Río Meta: desde Puerto Carreño hasta la desembocadura del Caño de la Virgen cerca a la Isla Manatí
6. Río Arauca: desde Montañita hasta la desembocadura del Brazo Bayonero siguiendo el límite con Venezuela
7. Río Putumayo: desde los límites con Brasil hasta Puerto Asís, siguiendo el límite con Perú y Ecuador
8. Río Vaupés: desde Mitú hasta los límites con Brasil
9. Ríos Sinú, Atrato, Patía y Mira: desde un (1) kilómetro antes de la iniciación de sus deltas, incluyendo sus desembocaduras en el mar
10. Canal del Dique: en el trayecto que une sus desembocaduras en la bahía de Cartagena hasta la desembocadura en la bahía de Barbacoas

Parágrafo.1 - En virtud de los derechos del país como Estado del Pabellón la Dirección General Marítima y Portuaria ejercerá jurisdicción sobre los buques y artefactos navales, más allá del límite exterior de la Zona Económica Exclusiva.

Parágrafo 2. - Las costas de la Nación y las riberas del sector de los ríos de su jurisdicción en una extensión de cincuenta (50) metros medidos desde la línea de la más alta marca y más alta creciente hacía adentro, están sometidos a la Dirección General Marítima. (Artículo 2, Decreto 2324 de 1984 (https://www.dimar.mil.co/sites/default/files/normatividad/pdfaDECRETO%202324%20DE%201984.pdf)).